九二一大地震重創本廟建築群尤以前殿與鐘鼓樓受創最為嚴重，初始蒞廟遊客少之又少百廢待興捐款金額入不敷出，廟務人員苦無計策，利用武聖殿丹犀兩旁鐫刻捐獻者芳名，此舉道利並濟善信捐款增加不少，這項捐款佔整建工程經費有舉足輕重之角色，工程短短三年震後整建工程即告完成，但尚有部份銀行貸款尚未還清，刻碑善信捐款卻未曾間斷，經幾年功德碑已滿但尚餘部份貸款未償，善士義舉又難以割捨，廟務人員竭慮發想擬議闢建大成殿後方擋土牆闢建功德碑林，創舉建築前所未聞無從參考，蓽路藍縷盲人摸象完成初稿設計圖示，土堤巧計點石成金獲董事會認同，2009/11開工動土2011/12竣工啟用，前行政院長吳敦親臨剪彩啟用並表楊有功人員。整座功德碑林石材雕刻工程由中國泉州惠安日晟石業雕刻，石雕組裝由台灣三石石業工程承攬，鋼構設計為新竹俐煒機械公司設計，鋼材組裝為竹東正鋼機械公司施工，基礎設計為鄉公所秘書黃有來先生，基礎施工由廟務人員黃永昌先生、黃國村先生引領土木工人完成。
碑林工程監督小組為本廟常務監事黃純仁先生、吳常務董事連榜先生、古常務董事水生。由於工程小組成員施工期間的指導與鼓勵順利完成功德碑林工程。功德碑林完成後為廟區景觀一隅，蒞廟不可錯過之景點。整工程碑林可鐫刻十萬之善名，此數量龐大的善信的捐款開擴本廟弘道基業更加重社會的責任。碑林工程第二期工程櫺星門與華表啟建工程，櫺星門；啟示儒家思想之大門，立聚天下學子。華表；為政警惕之道物，喻權位者應廣納善言，勤政愛民。本工程另一用意為連結碑林工程，吸引更多遊客駐足後山花園拍照，預計2014年完工，華表與櫺星門的創建將是潭區最高意象石雕刻，也是蒞潭觀景的最佳去處。
廟區土地有限緊林國有土地取之不易，平坦之地皆有所用 ，觀之廟堂用地惟大成殿後方護坡土堤可用，土堤護坡防洪所構，護坡苔蘚草長滋生蚊蠅，覆石創景點石成金以此為念聖神護佑。護坡土堤以石料覆蓋作好排水既能防洪兼具美觀。可惜護坡土堤離大成殿僅四米不到，階梯動線與碑林面績乃設計發想最為困難之處，顧慮往後無障礙空間發展，車道需保留三米五，寸土寸金輜珠必較，鏟除部份護坡土堤作好排洪工程以直轉階梯配合主題區一舉得董事會應允。
九龍噴泉、許願池、九龍搶珠石堵為主題，九龍搶珠狀闊大氣以十二塊厚基石拼接完成，主題牌匾「日月潭文武廟」題匾為前行政院長吳敦義先生，附名日月潭文武廟董監會，九龍搶珠兩旁配合孔聖人杏壇講學、問禮老子典故石堵表現大氣之象，主題兩邊配置本廟諸真聖神得道成佛之典故雕塑石堵，典故石堵立於行道旁，旅客遶行觀賞啟迪世人為弘善立道之根源。
功德石碑鐫刻留名教化子孫前人善舉，廟堂善名神明護佑。碑林共四層上階登高望潭美不勝收，十萬功德刻名位置座標以資訊編寫程序方便信士上網查詢，呈現影像查找刻名位置昭誠立信，信士濟濟。青斗原石雕刻欄干欄板共計貳佰餘組各有巧思，雕刻不同吉祥語皆不同吉祥成語取名雕刻非常有趣於教寓樂。石材總計約二萬才以乾式法安裝施工，鋼架焊點吊掛拼模不差二厘，石雕師傅與安裝師傅合作無間鬼斧神功成就不凡。
功德石碑林與後山花園連結後行道寬敞遊賞花園旅客激增，為使遊客停留駐足，功德碑林最後工程「華表」與「櫺星門」即將啟建預計2014年完工，此兩項宗教意象建築工程高度厚度為台灣之最，蒞潭留影取鏡最佳之處。
